O censo, realizado a cada cinco anos, reflete o rápido envelhecimento e a baixa taxa de natalidade nesta nação asiática.
Segundo o ministério, este é o terceiro declínio consecutivo desde que o país registrou sua primeira queda em 2015.
O relatório revela que há 59,77 milhões de homens e 63,2 milhões de mulheres.
Pessoas com 65 anos ou mais representam um recorde de 29,4% da população, refletindo o envelhecimento demográfico acelerado que preocupa as autoridades devido aos seus efeitos sobre as pensões, a saúde e a força de trabalho.
Das 47 prefeituras do país, Tóquio foi a única a registrar crescimento, com um aumento de 189 mil habitantes, enquanto a maioria das regiões rurais continua perdendo população.
Especialistas alertam que, se a tendência continuar, a população poderá cair para menos de 100 milhões até meados do século.
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